个性化生物信息分析

1.全数据库功能富集分析

        通过基因组、表观组、转录组、蛋白组等高通量组学检测可能能够获得成百上千的候选差异分子,庞大的数据信息给科研工作者进行下游有针对性的分子探索造成极大困难。基于功能数据库富集分析,能够提供所有信号通路、代谢途径、生物学事件和功能类别等的统计学显著性检验结果,这些结果直接指引研究人员开展下游验证工作的先后顺序。
        本公司通过整合Gene Ontology (GO)、KEGG、Reactome、DisGeNET等多种生物功能数据库,推出“功能数据库富集分析”服务项目,项目报告能反馈直接的下游分子探索方向和可用于文章发表的图表,只需要您提供感兴趣的基因列表或基因在不同样品的表达矩阵。此外,也可提供定制化的富集分析服务。

图:功能数据库富集分析示例

2.转录因子/激酶/蛋白互作调控分子预测

        转录因子和激酶对于基因、蛋白功能的调控至关重要。其中转录因子充当着调节因子,其与广泛的靶基因结合,控制着细胞类型的决定、发育模式和疾病进展,通过基于转录组差异基因和ChIP-SEQ数据库的相互验证分析,能够对上游转录调控机制进行深入探索;同样地,激酶在细胞信号通路及其它重要的细胞过程中起关键性调节作用,因此其与疾病、发育等密切相关,基于磷酸化蛋白组学的磷酸化位点信息和预测算法,能够预测催化磷酸肽的上游磷酸激酶。通过蛋白互作网络分析能够进一步地锁定上下游蛋白(基因)的潜在调控关系,有助于从精确锁定该可行性的疾病机制调控、药物新靶点等。本公司可提供定制化的上游调控分析服务。

图:转录因子/激酶/蛋白互作预测示例

3.WGCNA共表达网络构建和Hub靶点筛选

        加权基因共表达网络分析(WGCNA)是基于基因间表达数据的相似性来构建基因共表达网络,不仅可以挖掘高度相关的基因模块,更可以直观深入地反映基因之间潜在的表达调控关系以及处于其中核心位置的节点,即Hub基因。通过WGCNA共表达网络分析有助于后续验证性实验的迅速开展,并为后续基因功能的研究提供重要的线索和分析基础。本公司通过整合WGCNA及相关迭代算法开展项目,您只需要提供基因在不同样品的表达矩阵(转录组、蛋白组、代谢组均可)和表型数据(可选),项目报告包含Hub基因功能打分等信息和可用于文章发表的高水平图表。此外本公司也可提供定制化的分析和绘图服务。


4.癌症数据库挖掘与候选基因筛选​

        TCGA、ICGC、GEO等癌症相关数据库中收集了常见肿瘤的相关组学数据,包括转录组学、基因组学、表观遗传组学等。同时,这些数据库中包含样本对应的临床数据,包括随访时间、肿瘤分期、病理类型等重要信息,通过挖掘组学数据和与其关联的临床数据,发现肿瘤发生、发展、转移等根本机制和核心调控分子。您只需要指定感兴趣的癌症类型、数据库以及研究目的,我们挖掘并提供可用于实验探索、开展课题或基金撰写使用的素材,如果您有感兴趣的基因,我们可通过数据挖掘的方式对其关键性进行验证。此外本公司也提供定制化的肿瘤数据挖掘分析服务。


5.肿瘤亚型鉴定分析

        有效的免疫治疗必须建立在更好地了解肿瘤特异性免疫微环境之上,免疫微环境异质性会导致免疫检查点阻断治疗的不同反应。基于基因型和基因表达模式上的差异,可以鉴定肿瘤亚型间的差异,挖掘与肿瘤临床预后有关的免疫分子分类器,从而为肿瘤患者的免疫治疗提供新的途径。我们推出的“肿瘤亚型鉴定分析”服务,其关注回答不同肿瘤亚型的分子特征这一重大科学问题,该服务旨在寻找不同亚型根本特征,能够直接指导后续的实验验证和科学研究工作。


6.生物信息绘图服务 (火山图/热图/聚类/韦恩图/桑基图/网络图/Circos图)

        生物信息学分析后往往需要借助清晰直观的图片展示分析统计结果,是文章发表、基金申请、项目书撰写、学术会议汇报等的重要组成元素。我们推出的个性化绘图服务只需客户提交符合标准的结果文件,即可获得精美的生物信息结果图,提升科研成果品质,为您的科研工作保驾护航。