是指在核苷酸聚合作用起始时，刺激合成的一类具有特定核苷酸序列的大分子，与反应物以氢键形式连接，这样的分子成为引物。一般是由人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补，另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核算聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链式反应、测序以及探针合成等。

              
        首先引物与模板的序列要紧密互补，然后引物与引物之间要避免形成稳定的发夹结构或二聚体，接着引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应（即错配）。
其中影响引物设计的因素诸多，如引物长度（Primer length），产物长度（Product length），引物及产物的GC含量（Composition），序列Tm值（Melting temperature），
在错配位点（False priming site）的引发效率，引物与模板形成双链的内部稳定性（Internal stability，用ΔG值反应），形成引物二聚体（Primer dimer）及发夹结构（Dupl
exformation andhairpin）的能值，等等。必要时还需要对引物进行一定的修饰，如增加限制性核酸内切酶位点，引进突变等。以下为部分因素介绍。
 

长度：引物长度（Primer length）常用的是18~27bp，但不应大于38。因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。

GC含量：引物序列的GC含量一般为40~60%，含量过高或着过低都不利于引发反应。且上下游引物的GC含量不能相差过大。

Tm值：引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可以使复性条件达到最佳。而Tm的计算方法有很多种。公式Tm=4（G+C）+2（A+T）在Oligo软件中使用的是最邻近法。

选择T：在引物3’端错配是，不同碱基的引发效率有着很大差异。当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成；但当末位链为T时，错配的引发效率大
             大降低。G、C错配的引发效率介于 A、T之间，所以3’端最好选择T。且引物3’端要避开密码子第三位，如扩增编码区域，引物3’端不要终止于密码子的第3位，
             因为密码子的 第3位 容易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。

自身避免互补：引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使得引物本身复性。而两引物之间也不应具有互补性，尤其要避免3’端的互补重叠
             以防止引物二聚体（Dimer与Cross dimer）的形成。

ΔG值：ΔG值是指DNA双链形成所需的自由能，它反映的是双链结构内部碱基对的相对稳定性，ΔG值越大，则双链越稳定。应当选用5’端和中间ΔG值相对较高，而3’端ΔG
            值较低（绝对值不超过9）的引物。引物3’端的ΔG值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。
5’端可修饰：引物的5’端决定了PCR产物的长度，它对扩增特异性影响不大。因此，可被修饰且不影响扩增的特异性。方法有很多，如加酶切位点；标记生物素、荧光、地
            高辛、Eu3+等；引入蛋白质结合DNA序列、插入突变、引入点突变、缺失突变序列等等。